先ほどの Excel ファイルを、隣の PC にインストールしてあるバージョン 2002 で開いて保存したら、それだけでファイルサイズが数百 KB も小さくなってしまいました。なぜ? その後 2000 で保存しなおしてもサイズは変わらなかったので、何か余計なものがくっついていたのかもしれません。試しに元々あった 4MB のファイルを開いて保存したら、 500KB ほど小さくなりました。でもサイズが変わっただけで、パフォーマンスに影響はありませんでした……。
ちなみに、 http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;JP408223 にあるように、ファイルサイズが二倍になるという裏技もあるようですが、これは確認済みで、互換モードで保存していたなんてことはありませんでした。そもそもそういう設定になっていれば 2002 で保存してもファイルサイズが変わるなんてことは起こらないでしょうけれど。